Comparación entre el potencial de las regiones variables del 16S rDNA para la identificación de Lactobacillus spp. (Lactobacilliaceae)

El 16s rDNA es utilizado para la identificación bacteriana dada su tasa de variación entre especies. Algunas de las regiones variables de la subunidad ribosomal son más informativas que otras por lo cual en este estudio se evalúa el potencial de identificación aportado por cada región y combinaciones entre ellas. Se extrajeron las regiones variables V1 a la V8 del 16s rDNA de diferentes cepas y especies de Lactobacillus y se analizaron mediante los paquetes de STAP (ss-RNA Taxonomy Assigning Pipeline) y RDP (Ribosomal Database Project) multiclassifier. Adicionalmente se evaluaron árboles filogenéticos de máxima verosimilitud. Nuestros resultados muestran que la mayoría de regiones variables logran dar una correcta clasificación hasta género, sin embargo no son suficientes para clasificar hasta especie usando STAP. La región que presenta el mayor número de amplímeros es V5V6, sin embargo es la que presenta la mayor cantidad de falsos negativos. La que presenta el mayor número de verdaderos positivos es V1V3 (especie) para STAP y V5V8(género) para RDP. Las filogenias evaluadas mostraron que la topología de referencia se puede obtener con diferentes combinaciones de regiones variables e.g., V1V3 y V1V8. El estudio experimental de las cepas contenidas en un tampón comercial mostró que el amplicón V1V8 y el V1V3 dan una misma clasificación correcta. Proponemos la región V1V3 como la región mínima para clasificación correcta de Lactobacillus spp.. En conclusión, la región mínima para clasificar especies del género Lactobacillus es la V1V3, la cual es útil para estudios metagenómicos de muestras de probióticos.16s rDNA is used for bacterial identification because its variation rate between species allows differentiation. The gene for this ribosomal subunit has 9 variable regions and some of them give more information than others. We were interested in evaluating the potential for species identification of each region and their combinations. We extracted the V1 to V8 regions of 16s rDNA from different strains and species of Lactobacillus and analyzed them using STAP (ss-RNA Taxonomy Assigning Pipeline) and RDP (Ribosomal Database Project) multiclassifier packages. Phylogenetic trees obtained by maximum likelihood analyses were compared. Classification results show that many regions give the correct genus classification using RDP and STAP, however they are not enough to classify up to the level of species. V5V6 region presents the highest quantity of informative fragments but also present the highest rate of false negatives. V1V3 region presents the highest rate of true positives (species) using STAP and the region V5V8 in RDP (genus).The phylogenetic result shows that the reference topology could be obtained using different combination of regions as V1V3 and V1V8.The experimental validation was done using commercial strains from a probiotic tampon. Sequencing analysis show that the V1V3 region gives the same information and result as the complete 16s rDNA; the three isolated strains correspond to the strains indicated in the product. We conclude that the V1V3 region is the minimum required region to classify Lactobacillus spp. in the correct way and this region is useful in metagenomics to analyze probiotics samples

Evaluación in vitro del efecto antimicrobiano a escherichia coli por bacterias ácido lácticas provenientes de queso fresco de la región cafetera de Colombia

Los quesos frescos son un alimento sumamente propenso a la contaminación por diversos microorganismos ya que este presenta una microbiota alta debido a la leche cruda pues esta no pasa por un proceso de pasteurización previo para la elaboración del queso, por ello este proceso requiere de una total inocuidad para su elaboración y conservación. Las bacterias acido lácticas son fermentadoras y productoras del ácido láctico, el cual es muy empleado en la industria para brindarle a algunos alimentos unas características y protegerlos contra la acción de otros microorganismos patógenos. La presente investigación tuvo como objetivo la identificación de la capacidad de inhibición del crecimiento de E. coli en queso fresco por la presencia de bacterias acido lácticas (BAL). La muestra de queso fresco fue obtenida de una quesera cuya leche provenía del municipio de Santa Rosa de Cabal, el análisis microbiológico fue realizado mediante una técnica de antagonismo para evaluar la capacidad de inhibición in vitro de BAL frente a E. coli, también se usaron técnicas moleculares para la caracterización del microbioma entre ellas PCR, cuantificación y secuenciación. Para la obtención de todos los resultados se tuvieron algunos inconvenientes ya que se terminó el semestre y por falta de tiempo no se pudieron observar los resultados hasta donde se tenían así que iniciando el siguiente semestre se realiza nuevamente el estudio, en el segundo ensayo pudimos avanzar un poco más logrando identificar la presencia de bacterias ácido lácticas en un queso fresco de la región, se evidenció que si hubo un efecto de inhibición de las BAL frente al crecimiento de E. coli se logró obtener la pureza de un ADN, una PCR positiva con un tamaño que va desde 1.3 a 1.5 kb; por otra parte, la prueba in vivo de inhibición, la caracterización molecular, la amplificación de PCR y la electroforesis no fue posible su realización por causas de la pandemia del COVID-19.Universidad Libre Seccional Pereira -- Facultad de Ciencias de la Salud -- Microbiologí

Identificación de la diversidad microbiana de Coffea arabica y coffea canephora en los diferentes métodos de cultivo y de procesamiento mediante secuenciación masiva de nueva generación y la prevalencia de ocratoxina A en café de Chiapas

Ochratoxin A (OTA) is a threat to health due to its toxicity. OTA is produced by fungi of the genera Aspergillus and Penicillium in different stages of coffee processing. The degree of contamination depends on the weather, humidity, geographical location and the kind of post-harvest processing. Chiapas is the primary producer of conventional and organic arabica coffee. Mexico is the second-largest producer of organic coffee globally and eleventh in conventional coffee production. To date, there have been no studies on the incidence of OTA in coffee produced and marketed in Chiapas, so during the 2017/2018 cycle, we took 100 samples of Chiapas coffee and classified them according to variety (arabica or robusta), type (roasted or non-roasted), post-harvest processing (dry or wet) and cultivation system (organic or conventional). The average OTA concentration in 97 % of the samples was 0.41 ± 0.62 μg/kg. OTA was not detected in 52% of the samples; in 45%, the concentration varied between 0.05 and 3.4 μg/kg, below the limit of the European standard (<5 μg/kg). In only 3% of the samples did OTA values exceed the standard. It was also found that the prevalence of OTA in Chiapas coffee depends on the variety, type, and processing (p ≤ 0.05). The OTA found in organically and conventionally grown coffee presented no significant statistical differences. The average OTA in the 14 samples of instant coffee (from national production) was 0.93 ± 0.71 μg/kg and showed a higher likelihood of finding OTA than in the Chiapas coffee studied. These results suggest that the prevalence of OTA in Chiapas coffee is low and is less likely to be found in wet-roasted arabica coffee. Microbial diversity was analyzed using next-generation sequencing (NGS) from fresh ripe cherries and both wet and dry processing methods at different drying times, in three coffee-growing regions in Chiapas (Cruz del Rosario, from Las Margaritas, Nuevo Anexo Ojo de Agua, from Independencia and Santo Domingo, from Unión Juárez, Chiapas), during the 2018-2019 cycle. The OTA present in 26 coffee samples was quantified, the metagenomic DNA was extracted, and the 16S ribosomal gene and ITS region were analyzed. A set of strains from the genera Lactobacillus, Bacillus and Weissella were identified in fresh cherries and wet-processed coffee, and enterobacteria and yeasts such as Pichia, Candida and Wickerhamomyces. Species diversity was higher in dry processing, and other genera were found, including Corynebacterium, Lysinibacillus, Acetobacter and Pantoea. An abundance of the genus Penicillium and, to a lesser degree, Aspergillus was also found in these samples. Conversely, Aspergillus was the most abundant genera in the wet-processed samples. The OTA concentration in 97.7% of the samples presented in a range of 0.0-3.4 µg/kg OTA, i.e. within the European standard (≤ 5 µg/kg). In these samples, the presence of Lactobacillus and Pichia was abundant, which may account for the low concentration of OTA since it has been reported that these bacteria inhibit the development of ochratoxigenic fungi and OTA production. The highest concentration of OTA (15.7 µg/kg) was found in the dry Arabica cherries at 15 days of drying. In this sample, Penicillium ornatum was the most abundant (94%). One important finding was that in all the coffee samples studied, no filamentous fungi with ochratoxigenic potential were identified, which may explain the low OTA concentration. The bacterial and fungal diversity was analyzed through alpha and beta indices. The bacterial population was observed to be the most abundant and diverse and presented significant differences according to the processing type and sampling location (p<0.05). The alpha index presented no significant differences between variety, processing type, sampling location or cultivation system in fungal population. Nevertheless, significant differences were found in the beta index of the fungal communities based on sampling location and processing type (p<0.05). This study allows a wider comprehension of the coffee from Chiapas and may result in a referent for the analysis and further research considering the complex biotechnological chain around each type of post-harvest coffee processing. Also, it brings a possibility to improve the quality of coffee and seize the potential of the different bacterial and fungal communities to control the levels of OTA and the fungi quantity that produces this mycotoxin.La Ocratoxina A (OTA) es una amenaza para la salud por su toxicidad. Es producida por hongos de los géneros Aspergillus y Penicillium, en diferentes etapas del procesamiento del café. El grado de contaminación depende de factores como el clima, la humedad, la localización geográfica, tipo de procesamiento postcosecha. Chiapas es el principal productor de café arábica convencional y orgánico. Y México ocupa el onceavo lugar en la producción de café convencional y el segundo lugar de café orgánico a nivel mundial. A la fecha no hay estudios sobre la incidencia de la OTA en el café producido y comercializado en Chiapas, por lo que en el ciclo 2017/18 se adquirieron 100 muestras de café de Chiapas, se clasificaron según su variedad (arábica o robusta), tipo (tostado o no tostado), procesamiento postcosecha (seco o húmedo) y sistema de cultivo (orgánico o convencional). En 97 muestras analizadas la OTA promedio fue de 0.41 ± 0.62 μg/kg. No se detectó OTA en el 52%; en el 45% la concentración osciló entre 0.05 y 3.4 μg/kg, por debajo del límite de la norma europea (<5 μg/kg), solo en el 3% de las muestras los valores de OTA rebasaron la norma. Se encontró también que la prevalencia de la OTA en el café chiapaneco depende de la variedad, tipo y procesamiento (p ≤ 0.05). La OTA presente en el café cultivado orgánica y convencionalmente no presentó estadísticamente diferencias significativas. El promedio de OTA en las 14 muestras de café soluble (de producción nacional) fue de 0.93 ± 0.71 μg/kg y tuvo mayor probabilidad de encontrar OTA que el café de Chiapas estudiado. Estos resultados sugieren que la prevalencia de OTA en el café de Chiapas es baja y que es menos probable que se encuentre en el café arábica tostado y procesado en húmedo. Mediante secuenciación masiva de nueva generación (NGS) se analizó la diversidad microbiana presente en café a partir de la cereza madura fresca y, procesado por los métodos seco y húmedo, en diferentes tiempos de secado, en tres regiones cafetaleras de Chiapas (Cruz del Rosario, de las Margaritas, Nuevo Anexo Ojo de Agua, de la Independencia y Santo Domingo, de Unión Juárez, Chiapas), durante el ciclo 2018/19. Se cuantificó la OTA presente en 26 muestras de café, se les extrajo el ADN metagenómico y se analizó el gen ribosomal 16S y la región ITS. En las cerezas frescas y en el café procesado por el procesamiento húmedo se identificó un conjunto de bacterias de los géneros Lactobacillus, Bacillus y Weissella, además de enterobacterias y levaduras como Pichia, Candida y Wickerhamomyces. Durante el procesamiento seco la diversidad de especies fue mayor y se encontraron otros géneros como Corynebacterium, Lysinibacillus, Acetobacter y Pantoea. También en estas muestras se identificó de manera abundante el género Penicillium y en menor porcentaje Aspergillus. Un comportamiento contrario se observó en las muestras procesadas por el método húmedo en donde Aspergillus fue el más abundante. La concentración de OTA en el 97.7% de las muestras analizadas presentaron un rango entre 0.0-3.4 µg/kg de OTA, es decir, que cumplen con la norma europea (≤0.5µg/kg). En estas muestras la presencia de Lactobacillus y Pichia fue abundante y es posible que favorezcan la baja concentración de OTA ya que ha sido reportado que inhiben el desarrollo de hongos ocratoxigénicos y la producción de OTA. La concentración más alta de OTA (15.7 µg/kg) se encontró en la muestra de cereza seca arábica con 15 días de secado. En esta muestra, Penicillium ornatum fue el más abundante (94%). Un hallazgo importante fue que en todas las muestras de café estudiadas no se identificaron hongos filamentosos con potencial ocratoxigénico lo que posiblemente contribuye a la baja concentración de OTA. La diversidad bacteriana y fúngica fue analizada mediante los índices alfa y beta. Se observó que la población bacteriana fue más abundante y diversa y presentó diferencias significativas según el tipo de procesamiento y lugar de muestreo (p<0.05). El índice alfa en las poblaciones fúngicas no presentó diferencias estadísticas significativas entre la variedad, tipo de procesamiento, lugar de muestreo, tipo de cultivo. No obstante, si se encontraron diferencias significativas en el índice beta de las comunidades fúngicas según el lugar de muestreo y tipo de procesamiento (p<0.05). Este estudio permite tener una comprensión amplia del café de Chiapas, y podría ser un referente para el análisis e investigaciones posteriores considerando todo la compleja cadena biotecnológica en cada tipo de procesamiento postcosecha para mejorar la calidad del café. Además, aprovechar el potencial de las distintas comunidades bacterianas y fúngicas para el control de la contaminación de la OTA y los hongos que la producen

Diseño de una estrategia de identificación de bacterias ácido-lácticas mediante la técnica de análisis multilocus de secuencias (MLSA)

El género Lactobacillus tiene gran importancia científica, médica, alimentaria y biotecnológica. Debido a su versatilidad metabólica, es posible emplearlos como modelo de investigación científica, tal es el caso de la bacteria spB2 (identificada en este estudio como L. brevis), utilizada para la obtención de la quitina y el quitosano a partir de desechos de camarón, mejorando la calidad del polímero obtenido (mayor masa molecular e índice de cristalinidad), comparado con el método químico tradicional. Adicionalmente, muchas especies de este género presentan muchas aplicaciones, por lo que resulta interesante su estudio, así como el descubrimiento de nuevas especies y su identificación correcta. Muchas de las especies pertenecientes al género Lactobacillus sólo han sido identificadas por métodos fenotípicos y algunas otras mediante el gen 16S rRNA o algunos genes constitutivos individuales, lo que ha ocasionado que la información sea redundante y con bajo grado de confiabilidad. Por ello, el desarrollo de la estrategia de identificación por el método Análisis Multilocus de Secuencias (MLSA) para la identificación bacteriana permitirá realizar la identificación exacta y con mayor confiabilidad de cepas aún no identificadas así como definir nuevas especies y la reubicación taxonómica de aquellas que han sido indebidamente clasificadas. En este trabajo, se analizaron 7 cepas de Lactobacillus, se aisló su DNA cromosomal y amplificaron los genes 16S rRNA, gyrB, pheS, tuF y Hsp60. Se realizó una comparación de las secuencias obtenidas mediante el programa PhyML para obtener el análisis filogenético de los genes por separado así como un análisis concatenado. El MLSA es una técnica filogenética muy robusta de análisis y permitió identificar especies del género Lactobacillus. Con el análisis concatenado de los genes pheS, tuF y Hsp60, se logró establecer una clasificación taxonómica más estricta para las cepas estudiadas respecto a la obtenida utilizando metodologías fenotípicas o genotípicas con análisis de genes individuales.Lactobacillus genus has a pivotal role in the scientific, medical, biotechnological and food industry research works, because of its metabolic versatility it is possible to use them in several research models, as in the case of spB2 strain (identified as L. brevis), used to extract chitin and chitosan from shrimp wastes thus improving the quality of the polymer obtained (high molecular weight and crystallinity index) compared to the traditional chemical method. In addition, as many of the species of this genus are applied with other research purposes, it is interesting to study them, as well as the discovery of new species and their correct identification. Many of the species belonging to the genus Lactobacillus have only been identified by phenotypic methods, and some others through gene sequence comparison of 16S rRNA or by only one housekeeping gene which has resulted in redundant information with low degree of confidence. Therefore, the development of Multi Locus Sequence Analysis (MLSA) for bacterial identification will allow more accurate and reliable identification of strains still unidentified, to define new species and the taxonomic relocation of those who have been wrongly classified. In this work, seven strains of Lactobacillus were analyzed, their chromosomal DNA was isolated and 16S rRNA, gyrB, pheS, tuF and Hsp60 genes were amplified. When MLSA was carried out with the PhyML program the sequences were analyzed one by one and in a concatenated way, providing a more strict taxonomic classification from the studied strains than that one obtained when phenotypic methods and genotypic analysis of individual genes were used

Aislamiento y selección de lactobacillus sp con potencial probiótico a partir de pan de abejas

En el presente estudio se aisló, caracterizó y evaluó cepas de Lactobacillus sp con potencial probiótico a partir de pan de abejas de Apis mellifera; las cepas fueron incorporadas como bacterias probioticas mediante fermentación in vitro en polen apícola para así lograr un potencial producto funcional. Se procesaron 38 muestras de pan de abejas en el medio de cultivo, Man Rogosa Sharpe (MRS), se realizó pruebas bioquímicas para su identificación. Entre las pruebas para evaluar la capacidad probiótica se determinó: tolerancia a pH ácido (3, 4 y 5), crecimiento en bilis (0.3, 0.5 y 1.0%), actividad hemolítica, actividad antibacteriana frente a cepas de referencia y sensibilidad a antibióticos; e identificación molecular. Se obtuvieron 11 aislamientos de Lactobacillus sp con una o más características probióticas, 4 de ellas resistente a pH bajos y a bilis, productoras de sustancias antimicrobianas, no productoras de hemolisinas y sensibles a antibióticos comunes como amoxicilina y eritromicina; en las fermentaciones con cepas autóctonas se obtuvo pan de abejas con comportamientos superiores para el índice de pH y acidez e inferiores en el recuento de células viables, en comparación con los resultados obtenidos con la cepa de referencia Lactobacillus acidophilus. / Abstract. This study isolated, characterized and evaluated strains of Lactobacillus sp with probiotic potential from Apis mellifera´s bee bread; the strains were incorporated as probiotics bacteria through in vitro fermentation into bee pollen in order to achieve a potential functional product. Thirty-eight samples were processed in the culture medium Man Rogosa Sharpe (MRS); to the strains obtained were subjected biochemical tests for it identification. To assess the probiotic ability of the strains were determined some tests as: acid pH tolerance (3, 4 and 5), growth in bile (0.3, 0.5 and 1.0%), hemolytic activity, antibacterial activity against reference strains and sensitivity to antibiotics; and molecular identification. Once isolated of Lactobacillus were obtained with one or more probiotic characteristics, four showed resistance to low pH and to bile, with production of antimicrobial substances, not synthesizing hemolysins and sensitive to antibiotics commons as amoxicillin and erythromycin; in the fermentations with autochthons strains were obtained bee bread with behavior higher of pH and acidity and lower viable cell count in comparison with the results obtained from reference strain Lactobacillus acidophilusMaestrí

Análisis de la composición de productos probióticos comerciales empleados en la larvicultura de camarón Penaeus litopenaeus vannamei, usando una metodología de análisis molecular, PCR-DGGE

Un factor limitante para el desarrollo de la producción acuícola es la aparición de enfermedades infecciosas como resultado de incidencia de bacterias, hongos y virus frecuentemente asociadas con el aumento en las densidades de cultivoPara conocer las especies asociadas a productos probióticos comerciales, se realizaron análisis de electroforesis desnaturalizante (DGGE) a partir de fragmentos 16S rDNA. Para esto, se emplearon dos productos probióticos, de interés comercial para acuicultura, los que fueron activados y mediante técnicas moleculares se realizaron análisis que permitieran detectar las especies que se hallan en las muestras estudiadas. El análisis genético de los productos estudiados reveló mediante DGGE la presencia de 4 bandas muy bien definidas del producto A, y otras 2 de menor intensidad. En tanto en el producto B se observaron un total 7 bandas. Las bandas con intensidad mayor se cortaron de los geles para posteriores purificación, clonaje, secuenciación y análisis, ensayando dos métodos, uno donde se cortaron los fragmentos y otro donde se tomaron muestras con ayuda de tips descartables. En total se obtuvieron 61 clones (36 Producto A y 25 del producto B), de los cuales se seleccionaron 10 para cada producto para su posterior secuenciación. Los resultados de la secuenciación fueron alineados con secuencias existentes en el gen Bank, identificando 4 clones del producto B que representan los géneros: Lactobacillus sp., Bacillus sp., Acetobacter sp.y Saccharomyces sp. La aplicación de la técnica DGGE en el análisis de los productos probióticos, fue una manera rápida de obtener perfiles que representan la diversidad de especies, demostrando que la información declarada en la etiquetas de los productos probióticos no son confiables debido a que no se detectaron especies registradas en estos productosUPS

Estudio de las variaciones de la microbiota presente en cérvix de mujeres atendidas en el incan durante el tratamiento por cáncer cervicouterino

Introducción: El cáncer cérvicouterino es la segunda causa de muerte por cáncer en mujeres mexicanas, constituyendo un problema de salud pública. Generalmente es detectado en etapas localmente avanzadas, por lo que el estudio de los factores que puedan intervenir en su establecimiento, desarrollo y prevención es de suma importancia. El entorno cervicovaginal es un hábitat compuesto por una gran cantidad de simbiontes humanos, la mayoría de los cuales son bacterias. Estudios previos han encontrado que el papel de estas bacterias es trascendental para conservar la salud cervicovaginal, sin embargo, el estudio de la composición de la microbiota de cérvix en pacientes con cáncer cérvicouterino localmente avanzado y sometidas a tratamiento antineoplásico es un tema que actualmente no se ha abordado. El objetivo del presente trabajo fue comparar la microbiota de cérvix de mujeres con cáncer cervicouterino localmente avanzado respecto a la microbiota de cérvix de mujeres sin cáncer cervicouterino y detectar cambios en ella durante el tratamiento antineoplásico. Material y métodos: Se realizó un estudio descriptivo, longitudinal, prospectivo y comparativo. Se incluyeron mujeres con cáncer cervicouterino localmente avanzado de reciente diagnóstico, con un plan de tratamiento basado en quimioterapia, radioterapia de haz externo y braquiterapia y mujeres con citología cervical negativa. Se tomaron muestras de fluido cervicovaginal mediante hisopado. Se aislaron cepas bacterianas a las que se les realizó extracción de ADN, amplificación del gen 16S rRNA mediante PCR y tipificación mediante RFLP, a partir de cuyos resultados se eligieron cepas representativas para secuenciación. Se recopilaron secuencias consenso y se compararon con secuencias depositadas en el GenBank del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) utilizando BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), así como la base de datos pública de EzTaxon. Resultados: Las bacterias identificadas pertenecen a 3 phyla: firmicutes, proteobacteria y actinobacteria. Se encontraron 14 géneros y 33 especies bacterianas, distribuidas en distintas proporciones a lo largo de las etapas evaluadas. Conclusiones: Se detectaron cambios en la microbiota de cérvix de mujeres con cáncer cervicouterino localmente avanzado respecto a la microbiota de cérvix de mujeres sin cáncer cérvicouterino y esta también cambió durante y después de los tratamientos antineoplásicos.Universidad Autónoma del Estado de México Proyecto: 4350/2017/C

Identificación de aislamientos clínicos y ambientales de Nocardia spp. mediante técnicas genómicas y proteómicas

El género Nocardia se ubica dentro del orden Corynebacteriales, junto con Conynebacterium y Mycobacterium, y son bacilos Gram-positivo ramificados con alto contenido en G+C. Comprende unas 200 especies de amplia distribución ambiental que crecen lentamente en condiciones de aerobiosis como colonias separadas y con distintas morfologías, produciendo micelios primarios que se pueden fragmentar en hifas conforma cocoide. Son responsables de infecciones oportunistas en humanos, principalmente en pacientes inmunodeprimidos, con diabetes o neoplasias, inmunosenescentes, trasplantados de órganos sólidos, o en tratamiento con medicamentos inmunosupresores o corticosteroides. Afecta principalmente a los pulmones y tejido cutáneo y subcutáneo, pero puede diseminarse hasta el Sistema Nervioso Central, ojos, y otras regiones. Esta capacidad de diseminación, la presencia de abscesos y granulomas, las recaídas y las infecciones crónicas pueden hacen de su tratamiento un desafío. Además, al igual que otras Actinobacterias, posee una alta capacidad biosintética, lo que ha despertado el interés de la industria farmacéutica..

Análisis de la microbiota de la vid de distintas regiones vitivinícolas y sus propiedades promotoras del crecimiento vegetal

El desarrollo de este trabajo permitió, a través de los diferentes enfoques y estudios realizados, caracterizar y evaluar distintos aspectos del microbioma asociado a vides Malbec y Cabernet Sauvignon, así como considerar la influencia de factores bióticos y abióticos de su entorno. Mediante técnicas de secuenciación de DNA se expandió la capacidad de analizar la estructura y función de comunidades microbianas en uva, hoja y rizósfera con elevada resolución. Permitiendo evaluar la diversidad entre comunidades de distintas regiones vitivinícolas en Argentina y Europa. Mientras que en relación a las comunidades asociadas a la rizósfera, se logró identificar grupos de bacterias generalmente relacionadas con la promoción del crecimiento vegetal. Motivo por el cual se abordó su aislamiento a partir de la rizósfera de vides originarias de tres regiones vitivinícolas argentinas. Los aislamientos se caracterizaron como potenciales biofertilizantes y/o agentes de biocontrol.Programa Microwine - Marie Curie Initial Training Network de la Comunidad Europea.Facultad de Ciencias Exacta

Role of the intestinal microbiota in colorectal cancer

RESUMEN : Cada vez más se reconoce la importancia de la relación entre la microbiota intestinal y la salud humana. Ahora está bien establecido que una microbiota intestinal saludable es en gran parte responsable de la salud general del huésped. Así mismo la microbiota intestinal cada vez más se asocia con una gran variedad de enfermedades humanas como el cáncer colorrectal (CCR). La microbiota intestinal produce una serie de metabolitos y factores que afectan el metabolismo y la inmunidad del huésped. Dichas alteraciones del huésped conllevan a la aparición del CCR que se caracteriza por inflamación, disfunción de la barrera intestinal y estando involucrados mecanismos moleculares en el contexto de una disbiosis intestinal. Debido al gran impacto de la microbiota intestinal tanto en la salud como en la enfermedad se plantea la presente revisión que trata de analizar la reciente evidencia del impacto de la microbiota intestinal en el CCR considerando los microorganismos relacionados así como el papel que juega el biofilm en la incidencia del CCR. El objetivo es proporcionar un análisis del conocimiento actual del papel de la microbiota en la eficiencia y toxicidad de las terapias contra el CCR y la necesidad de integración de los datos del microbioma en la medicina de precisión para la prevención diagnóstico y tratamiento del CCR. Finalmente se incide en la modulación de la microbiota con fines terapéuticos.ABSTRACT : The importance of the relationship between the gut microbiota and human health is increasingly recognized. It is now well established that a healthy intestinal microbiota is largely responsible for the general health of the host. Likewise, intestinal microbiota are increasingly associated with a wide variety of human diseases such as colorectal cancer (CRC). The gut microbiota generates a series of metabolites and factors that affect the metabolism and immunity of the host. Such alterations of the host lead to the appearance of CRC characterized by inflammation, dysfunction of the intestinal barrier and molecular mechanisms involved in the context of an intestinal dysbiosis. Given the great impact of the gut microbiota on health and disease, this review considers the recent evidence of the impact of the intestinal microbiota on colorectal cancer considering related microorganisms and the role of biofilm in the incidence of colorectal (CRC). The objective is to provide an analysis of the current knowledge of the role of microbiota in the efficiency and toxicity of CRC therapies and the need for integration of microbial data into precision medicine for the prevention, diagnosis and treatment of CRC. Finally this revision points out, the modulation of the microbiota used for therapeutic purposes.Grado en Medicin